Фокс Малдер убежден, что мы не одни разумные существа во вселенной. Эта уверенность появилась у него после того, как инопланетяне похитили его сестру. Дана Скалли, напротив, скептически относится к такого рода заявлениям. Начав работать вместе, эти два опытных агента ФБР специализируются на делах под грифом «Секретно». Их разные взгляды на паранормальные явления рождают интересные споры и дискуссии, что немало способствует приближению к разгадке необъяснимых событий. Постепенно, повидав наяву страшных мутантов, привидений или людей со сверхъестественными способностями, агент Скалли склонна согласится со странными убеждениями Малдера.

Сериал рассказывает историю пяти молодых людей (из Канады, Америки и Великобритании), которые набираются в качестве агентов для сверхсекретной миссии на немецкой территории. С этой целью они проходят тщательную подготовку в секретном лагере, расположенном в непосредственной близости от озера Онтарио.

Среди новобранцев оказывается Альфред Грэйвс, страдающий синестезией. Уникальная способность Альфреда к восприятию и запоминанию информации делает его главным секретным оружием командования Лагеря Х в борьбе с нацистами.