Отправившись в небольшой туристический поход вместе со своей семьей, Мак пережил жуткую трагедию – исчезла его младшая дочка. Через некоторое время в лесной хижине, затерянной в глуши на просторах штат Орегон, были обнаружены улики. Судя по всему, девочку убил маньяк… Даже спустя четыре года, Мак так и не смог смириться с тем, что его ребенка уже нет в живых. Однажды он получает странное послание, написанное от имени Бога. В письме его приглашают в ту самую хижину. Немного подумав, Мак отправляется в то самое место, не представляя, какие удивительные и шокирующие открытия ждут его на этом пути.

В 17 веке в стране восходящего солнца правит сегунат Токугава, который является ярым противником христианства. По его требованию, наложен запрет на христианское вероисповедание. Стоящие у власти нацелены оградить государство от влияния чуждой религии. Повсеместно устраиваются гонения на японских христиан. Несмотря на это, два священника отправляются странствовать по закрытой для иностранцев Японии, проповедуя христианство, а также в поисках наставника. Монахи наблюдают неисчислимые страдания своих единоверцев и в то же время находят способы тайно проповедовать веру. Пробираясь все дальше в глубь страны, священники пытаются найти ответ на вопрос, который так сильно мучает единомышленников: «Почему Бог молчит, в то время, когда дети страдают и умирают в муках?». Удастся ли героям найти в себе силы не усомниться в собственной вере?

До начала Великой отечественной войны христианство подвергалось гонениям на территории Советского Союза. После того как северо-запад Советского Союза оказался в руках фашистов, там началось возрождение христианских традиций. Действия фильма разворачиваются в Псковской православной миссии. Прибалтийские священники-миссионеры три года вели здесь свою деятельность, до тех пор, пока советские войска не освободили захваченную фашистами территорию. После того как фашисты покинули территорию Псковской области, священники были сосланы в лагеря.