В недалеком прошлом главарь обезьян Цезарь потерпел крупное поражение от людей. В бою он потерял немало своих приверженцев, и с тех пор его одолевают исключительно мысли о мести и взятии реванша. Цезарь намерен снова собрать армию приматов, чтобы дать отпор своему заклятому врагу – жестокому и безжалостному Полковнику. Но чтобы не повторить ошибку прошлого, вожаку приматов нужно действовать крайне осторожно, аккуратно и разумно, ведь в таком деле любая оплошность может стоить жизни тысячам невинных душ. От исхода этой битвы зависят жизни его соплеменников, да и его трон стоит на кону. Эта схватка решит судьба их планеты и всего рода приматов.

В далеком будущем Логан и профессор Ксавьер остались без команды Людей Икс, теперь только они могут противостоять могущественной корпорации под руководством Натаниэла Эссекса, которая планирует уничтожить мир. В условиях, когда способности к регенерации у Логана с возрастом угасают, а Ксавьер теряет память из-за прогрессирующей болезни Альцгеймера, в борьбе против злодея им может прийти на помощь только женский клон Росомахи, юная Лаура Кинни.

Численность генетически модифицированных обезьян, возглавляемых Цезарем, продолжает увеличиваться, но обезьянам угрожают люди, которым удалось выжить во время ужасной эпидемии десятилетней давности. Поначалу между соперниками устанавливается хрупкий мир, но он оказывается недолговечным. Обезьяны и люди находятся на грани войны, в ходе которой станет понятно, кто из них в будущем станет безраздельно править планетой.

В фармацевтической лаборатории Сан-Франциско ученые, занимающиеся разработкой нового лекарства Альц-112, проводят его испытание на обезьянах. После прекращения эксперимента профессор Родман забирает симпатичного детеныша шимпанзе к себе домой. Малыша называют Цезарем, и с первых дней пребывания в семье он демонстрирует удивительный интеллект. Однако из-за случайной ошибки молодого шимпанзе забирают в питомник, и там возмущенный несправедливостью людей Цезарь поднимает восстание обезьян. Впрочем, обезьянами их назвать уже сложно…

Действие фильма разворачивается в альтернативном мире. В мире, где супергерои стали неотъемлемой частью общества. Они несколько столетий стояли на страже покоя обычных людей, но всегда были те, кого этот порядок дел не устраивал. И вот один из супергероев узнает о том, что зреет страшный заговор, целью которого является дискредитировать всех супергероев, и тех, кто жил раньше, и тех, кто живет сейчас. Супергероям придется объединиться, чтобы противостоять новой, невиданной прежде угрозе. Супергерои встают на защиту собственной репутации, которая теперь находится под угрозой.

В далёком 1930 году отряд исследователей отправляется на таинственный остров Черепа, который расположен недалеко от Суматры. Там ходят слухи о какой-то гигантской горилле, которую туземцы прозвали «Конг». Не смотря на то, что исследователи настроены скептически, вскоре они получают неопровержимые доказательства существования монстра. Чудовище обитает глубоко в джунглях. Когда отряд пытается найти точное месторасположение жилища Конга, они натыкаются на множество других удивительных и не менее опасных доисторических созданий, которых учёное сообщество уже давно приписало к вымершим…