В фармацевтической лаборатории Сан-Франциско ученые, занимающиеся разработкой нового лекарства Альц-112, проводят его испытание на обезьянах. После прекращения эксперимента профессор Родман забирает симпатичного детеныша шимпанзе к себе домой. Малыша называют Цезарем, и с первых дней пребывания в семье он демонстрирует удивительный интеллект. Однако из-за случайной ошибки молодого шимпанзе забирают в питомник, и там возмущенный несправедливостью людей Цезарь поднимает восстание обезьян. Впрочем, обезьянами их назвать уже сложно…

Дарвин, Бластер и Хуарес – не просто морские свинки, они – американские правительственные агенты. Их команда называется «Миссия Дарвина», а руководство страны поручает им выполнение секретных заданий особой важности. К работе спецагентами их подготовил один гениальный ученый, благодаря ему «Миссия Дарвина» обладает не только колоссальными знаниями, но и современным оружием. У каждой свинки в отряде своя специализация: Дарвин – лидер команды, он хорошо разбирается в технике и коммуникациях, Хуарес – очаровательная девушка-свинка – профессионал в боевых искусствах, а Бластер – самый сильный в подразделении. Они получают задание спасти мир от злого тирана, который хочет захватить власть.