Человечество уже давно отвернулось от Бога – бесчисленные стычки между странами, разврат и беспредел наполнили Землю. Бог устал постоянно даровать прощение и искупление грехов, и на этот раз сам отвернулся от человечества, попутно послав Ангелов Смерти стереть Человека с лица планеты, как неудавшийся эксперимент. Лишь у одного из ангелов осталось сострадание к людям - архангел Михаил собрал вокруг себя небольшую горстку отщепенцев и теперь они ждут рождения Мессии в надеждах спастись от безграничной ярости Божественного взора.

Машины начинают последний решающий штурм единственного города людей – Зеона. Сил защитников города не хватит на то, чтобы отразить этот натиск, им остается только умереть, защищая свой город. Нео решает отправиться в сердце города Машин, чтобы не допустить падения Зеона и выполнить предначертанное ему. Теперь уже не Матрица контролирует Смита, а Смит контролирует Матрицу, он вышел из под контроля Машин. Если Нео сможет противостоять Смиту, то у людей и у Зеона появится шанс уцелеть, если же Нео не справится – все будет кончено.

Чтобы выполнить свою миссию Избранного, Нео необходимо встретиться с Архитектором, с тем, кто создал Матрицу, но найти путь к Архитектору очень непросто. Тем временем агент Смит нашел возможность самопроизвольного копирования, и теперь Смит готов сразиться с Нео не в одиночку – Нео придется сражаться с целой армией агентов Смитов. Машины все продолжают искать способы попасть в город людей – Зеон, охотники рыщут повсюду. Нео остается последней надеждой человечества, если он не справится, мир людей перестанет существовать.

Мелкий служащий одной американской компании Томас Андерсон узнает, что наш мир, все, что есть вокруг, всего лишь порождение компьютерной программы – Матрица. На самом же деле на Земле уже давно правят машины, которые выращивают людей на специальных плантациях и используют в качестве источников энергии. Но если и люди, которые противостоят Машинам, они живут в единственном городе людей, до которого Машины еще не смогли добраться, и периодически входят в Матрицу. Томас Андерсон получает новое имя – Нео, узнает, что он избранный и именно ему предстоит разрушить Матрицу, чтобы освободить людей от власти Машин.